Заикин Алексей Анатольевич

Список преподаваемых дисциплин

Публикации

2024

Kanakov O.I., Chen S., Zaikin A.A. Learning by selective plasmid loss for intracellular synthetic classifiers // Chaos, Solitons and Fractals. V. 179. 2024. P. 114408.

Krivonosov M.I., Zaikin A.A., Abrego L., Marino I.P., Jacobs I., Menon U., Gentry-Maharaj A., Blyuss O. Bayesian and deep-learning models applied to the early detection of ovarian cancer using multiple longitudinal biomarkers // Cancer Medicine. № 13. V. 7. 2024. P. E7163.

2023

Gordleeva S.Yu., Tsybina Yu.A., Krivonosov M.I., Tyukin I.Yu., Kazantsev V.B., Zaikin A.A., Gorban A.N. Situation-based neuromorphic memory in spiking neuron-astrocyte network // IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems. 2023. P. 1-15.

2022

Цыбина Ю.А., Заикин А.А., Гордлеева С.Ю. ВЛИЯНИЕ АСТРОЦИТОВ НА ПРОЦЕССЫ ОБРАБОТКИ И ХРАНЕНИЯ ИНФОРМАЦИИ В СПАЙКОВОЙ НЕЙРОННОЙ СЕТИ // ДИНАМИЧЕСКИЕ СИСТЕМЫ. ТЕОРИЯ И ПРИЛОЖЕНИЯ. Национальный исследовательский Нижегородскийгосударственный университет им. Н. И. Лобачевского. 2022. С. 90-92.

Цыбина Ю.А., Кастальский И.А., Гордлеева С.Ю., Заикин А.А. Обработка аналоговой информации спайковой нейрон-астроцитарной сетью // Математическое моделирование и суперкомпьютерные технологии Mathematical modeling and supercomputer technologies 2022. Издательство Нижегородского госуниверситета, 2022. – 170 с.. 2022. С. 152-154.

Tsybina Yu.A., Zaikin A.A., Gordleeva S.Yu. Information processing in spiking neuron-astrocyte network in ageing // XXIV Международная научно-техническая конференция "Нейроинформатика-2022". -. 2022. P. 1. [принято к печати]

Tsybina Y.A., Kastalskiy I.A., Krivonosov M.I., Zaikin A.A., Kazantsev V.B., Gorban A.N., Gordleeva S.Y. Astrocytes mediate analogous memory in a multi-layer neuron–astrocyte network // Neural Computing and Applications. 2022. P. 1-14.

Zaikin A.A., Li Zonglun, Fattah Alya, Timashev Peter An Account of Models of Molecular Circuits for Associative Learning with Reinforcement Effect and Forced Dissociation // Sensors. № 22. V. 15. 2022. P. 5907.

Zaikin A.A., Efremov Y., Ermolaeva A.V., Vladimirov G., Gordleeva S.Yu., Svistunov A., Timashev P. A Mathematical Model of in vitro Hepatocellular Cholesterol and Lipoprotein Metabolism for Hyperlipidemia Therapy // PLoS ONE. № 17. V. 6. 2022. P. E0264903.

Zaikin A.A., Borg Y., Alsford S., Pavlika V., Nesbeth D.N. Synthetic biology tools for engineering Goodwin oscillation in Trypanosoma brucei brucei // Heliyon. № 8. V. 2. 2022. P. E08891.

Zaikin A.A., Vadim Demichev, Pinkus Tober-Lau, Tatiana Nazarenko, Oliver Lemke, Simran Kaur Aulakh, Harry J Whitwell, Annika Röhl, Anja Freiwald, Mirja Mittermaier, Lukasz Szyrwiel, Daniela Ludwig, Clara Correia-Melo, Lena J Lippert, Elisa T Helbig, Paula Stubbemann A proteomic survival predictor for COVID-19 patients in intensive care // PLOS Digital Health. № 1. V. 1. 2022. P. E0000007.

Tsybina Yu.A., Gordleeva S.Yu., Zaikin A.A., Li Z. Impact of Astrocytic Coverage of Synapses on the Short-Term Memory of a Computational Neuron-Astrocyte Network // Mathematics. № 10. V. 18. 2022. P. 3275.

Krivonosov M.I., Nazarenko T., Bakalini M. Dzh., Vedunova M.V., Francheski K., Zaikin A.A., Ivanchenko M.V. Age-related trajectories of DNA methylation network markers: A parenclitic network approach to a family-based cohort of patients with Down Syndrome // Chaos, Solitons and Fractals. № 165. V. 2. 2022. P. 112863.

Gordleeva S.Yu., Ermolaeva A.V., Zaikin A.A. Noise-induced artificial intelligence // Physical Review Research. № 4. V. 6. 2022. P. 043069.

2021

Tsybina Yu.A., Gordleeva S.Yu., Krivonosov M.I., Kastalskiy I.A., Zaikin A.A., Gorban A.N. Modelling Working Memory in Neuron-Astrocyte Network // 2021 IEEE International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), Shenzhen, China. IEEE Xplore. 2021. P. 1-6.

Цыбина Ю.А., Гордлеева С.Ю., Кривоносов М.И., Заикин А.А., Горбань А.Н., Иванченко М.В. Моделирование рабочей памяти в нейрон-астроцитарных сетях // XXV научная конференция по радиофизике 2021. Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского (Нижний Новгород). 2021. [принято к печати]

Tsybina Yu.A., Gordleeva S.Yu., Krivonosov M.I., Zaikin A.A., Gorbany A.N. MODELLING WORKING MEMORY IN NEURON-ASTROCYTE NETWORKS // VOLGA NEUROSCIENCE MEETING 2021. Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского (Нижний Новгород). 2021. P. 85-86. [принято к печати]

Цыбина Ю.А., Кривоносов М.И., Заикин А.А., Горбань А.Н., Гордлеева С.Ю. МОДЕЛИРОВАНИЕ КРАТКОВРЕМЕННОЙ ПАМЯТИ В СПАЙКОВОЙ НЕЙРОН-АСТРОЦИТАРНОЙ СЕТИ // 21-я международная конференция и молодежная школа «Математическое моделирование и суперкомпьютерные технологии». 3 стр. 2021. С. 395-397.

Abrego L., Gordleeva S.Yu., Kanakov O.I., Krivonosov M.I., Zaikin A.A. Estimating integrated information in bidirectional neuron-astrocyte communication // Physical Review E. № 2. V. 103. 2021. P. 022410.

Vershinina O.S., Bakalini M.G., Zaikin A.A., Franceschi C., Ivanchenko M.V. Disentangling age-dependent DNA methylation: deterministic, stochastic, and nonlinear // Scientific Reports. № 11. 2021. P. 9201.

Gordleeva S.Yu., Tsybina Yu.A., Krivonosov M.I., Ivanchenko M.V., Zaikin A.A., Kazantsev V.B., Gorbany A.N. Modeling Working Memory in a Spiking Neuron Network Accompanied by Astrocytes // Frontiers in Cellular Neuroscience. V. 15. 2021. P. 86.

Zaikin A.A., Liu Langzhou, Gao Huayi, Chen Shangbin Unravelling Aβ-mediated multi-pathway calcium dynamics in astrocytes: Implications for AD treatment from simulations // Frontiers in Physiology. № 12. 2021. P. 767892.

Zaikin A.A., Nazarenko T., Whitwell H.J., Blyuss O. Parenclitic and Synolytic networks revisited // Frontiers in Genetics. № 12. 2021. P. 733783.

Zaikin A.A., T. Nazarenko, Blyuss O., H. Whitwell Ensemble of correlation, parenclitic and synolitic graphs as a tool to detect universal changes in complex biological systems, Comment // Physics of Life Reviews. № 38. 2021. P. 120-123.

Zaikin A.A., Vadim Demichev, Pinkus Tober-Lau, Oliver Lemke, Tatiana Nazarenko, Charlotte Thibeault, Harry Whitwell, Annika Röhl, Anja Freiwald, Lukasz Szyrwiel, Daniela Ludwig, Clara Correia-Melo, Simran Kaur Aulakh, Florian Kurth, Blyuss O. A time-resolved proteomic and prognostic map of COVID-19 // Cell Systems. № 12. 2021. P. 780-794.

2020

Krivonosov M.I., Nazarenko T., Bacalini M.G., Zaikin A.A., Ivanchenko M.V., Francheski K. Network markers of DNA methylation in neurodegenerative diseases // Материалы IV Международной школы-конференции молодых учёных «Динамика сложных сетей и их применение в интеллектуальной робототехнике». IEEE. P. 138-139. 2020. P. 2.

Tsybina Yu.A., Krivonosov M.I., Gordleeva S.Yu., Zaikin A.A., Gorbany A.N. Short-term memory in neuron-astrocyte network // Материалы IV Международной школы-конференции молодых учёных «Динамика сложных сетей и их применение в интеллектуальной робототехнике».. IEEE. P. 245-247. 2020. P. 3.

Кривоносов М.И., Назаренко Т., Бакалини М.Дж., Франчески К., Заикин А.А., Иванченко М.В. Выделение эпигенетических маркеров старения на основе паренклитических сетей метилирования пациентов с синдромом Дауна // Тезисы докладов 73-й Всероссийской с международным участием школы-конференции молодых ученых. Нижний Новгород, 2020. С.111. 2020. С. 1.

Кривоносов М.И., Цыбина Ю.А., Заикин А.А., Горбань А.Н., Иванченко М.В. Кратковременная рабочая память в нейрон-астроцитарной сети // Математическое моделирование и суперкомпьютерные технологии. Труды XX Международной конференции. под ред. проф. В.П. Гергеля. Нижний Новгород, 2020. С. 407-408. 2020. С. 2.

Цыбина Ю.А., Гордлеева С.Ю., Кривоносов М.И., Заикин А.А., Иванченко М.В. Ассоциативная память в модели нейрон-астроцитарной сети // НЕЛИНЕЙНЫЕ ВОЛНЫ - 2020 Тезисы докладов XIX научной школы. 2020. Институт прикладной физики Российской академии наук (Нижний Новгород). 2020. С. 275-276.

Zaikin A.A., Aleksandra Gentry-Maharaj, Oleg Blyuss, Andy Ryan, Matthew Burnell, Chloe Karpinskyj, Richard Gunu, Jatinderpal K. Kalsi, Anne Dawnay, Ines P. Marino, Ranjit Manchanda, Karen Lu, Wei-Lei Yang, John F. Timms, Mahesh Parmar, Steven J. Skates Multi-Marker Longitudinal Algorithms Incorporating HE4 and CA125 in Ovarian Cancer Screening of Postmenopausal Women // Cancers. № 7. V. 12. 2020. P. 1931.

Whitwell Harry J., Bacalini Maria Giulia, Blyuss Oleg, Chen Shangbin, Garagnani Paolo, Gordleeva S.Yu., Jalan Sarika, Ivanchenko M.V., Kanakov O.I., Kustikova V.D., Mariño Ines P., Meyerov I.B., Ullner Ekkehard, Franceschi Claudio, Zaikin A.A. The Human Body as a Super Network: Digital Methods to Analyze the Propagation of Aging // Frontiers in Aging Neuroscience. V. 12. 2020. P. 136.

Zaikin A.A., Shangbin Chen Editorial: Multiscale Modeling of Rhythm, Pattern and Information Generation: from Genome to Physiome // Frontiers in Physiology. V. 11. 2020. P. 1.

Zaikin A.A., Harry J. Whitwell, Jenny Worthington, Oleg Blyuss, Aleksandra Gentry-Maharaj, Andy Ryan, Richard Gunu, Jatinderpal Kalsi, Usha Menon, Ian Jacobs, John F. Timms Improved early detection of ovarian cancer using longitudinal multimarker models // British Journal of Cancer. № 6. V. 122. 2020. P. 847-856.

Ivanchenko M.V., Gordleeva S.Yu., Kanakov O.I., Zaikin A.A., Francheski K. Brain aging and garbage cleaning: Modelling the role of sleep, glymphatic system, and microglia senescence in the propagation of inflammaging // Seminars in Immunopathology. 2020. P. 10.

Kanakov O., Gordleeva S., Zaikin A. Integrated Information in the Spiking–Bursting Stochastic Model // Entropy. № 12. V. 22. 2020. P. 1334.

2019

Gordleeva S.Yu., Lotareva Y.A., Krivonosov M.I., Zaikin A.A., Ivanchenko M.V., Gorbany A.N. Astrocytes Organize Associative Memory // Advances in Neural Computation, Machine Learning, and Cognitive Research III: Selected Papers from the XXI International Conference on Neuroinformatics, October 7–11, 2019, Dolgoprudny, Moscow Region, Russia. Kryzhanovsky B., Dunin-Barkowski W., Redko V., Tiumentsev Y. (eds), Studies In Computational Intelligence, 384-391, Springer, Cham, 2019. 2019. P. 384-391.

Makovkin S.Yu., Ivanchenko M.V., Zaikin A.A., Dzhalan S. S. Makovkin, M. Ivanchenko, A. Zaikin, S. Jalan. Investigating multiplex models of neuron-glial systems: small-world topology and inhibitory coupling. // PHYSCON 2019, Innopolis, Russia, 8–11 September, 2019. Http://www.spsl.nsc.ru/FullText/konfe/PhysCon2019.pdf PHYSCON 2019, Innopolis, Russia, 8–11 September, 2019. 2019. P. 184-186.

Маковкин С.Ю., Иванченко М.В., Заикин А.А., Джалан С. РОЛЬ ИНГИБИТОРНЫХ ОСЦИЛЛЯТОРОВ В МУЛЬТИПЛЕКСНЫХ АНСАМБЛЯХ МОДЕЛЕЙ НЕЙРОН-ГЛИАЛЬНЫХ СИСТЕМ С.Ю. Маковкин, М.В. Иванченко, А.А. Заикин, С. Джалан // Труды XXIII Научной конференции по радиофизике, ННГУ, 2019. Труды XXIII Научной конференции по радиофизике, ННГУ, 2019. 2019. С. 243-245.

Gordleeva S.Yu., Zaikin A.A., Gorbany A.N., Krivonosov M.I., Tsybina Yu.A., Ivanchenko M.V. Astrocytes organize associative memory // 21st International Conference on Neuroinformatics, 2019; Dolgoprudny; Russian Federation;. Studies in Computational Intelligence Volume 856, 2020, Pages 384-391 21st International Conference on Neuroinformatics, 2019; Dolgoprudny; Russian Federation; 7 October 2019 до 11 October 2019; Код 231619. 2019. P. 384-391.

Цыбина Ю.А., Гордлеева С.Ю., Кривоносов М.И., Заикин А.А., Горбань А.Н., Иванченко М.В. Ассоциативная память в простейшей модели нейрон-астроцитарной сети // ТРУДЫ XXIII НАУЧНОЙ КОНФЕРЕНЦИИ ПО РАДИОФИЗИКЕ, ПОСВЯЩЕННОЙ 100-ЛЕТИЮ СО ДНЯ РОЖДЕНИЯ Н.А. ЖЕЛЕЗЦОВА. Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского (Нижний Новгород). 2019. С. 239-242.

Kanakov O.I., Gordleeva S.Yu., Ermolaeva A.V., Jalan S., Zaikin A.A. Astrocyte-induced positive integrated information in neuron-astrocyte ensembles // Physical Review E. № 1. V. 99. 2019. P. 012418.

Ivanchenko M.V., Dzhalan S., Zaikin A.A. Symmetry in cancer networks identified: Proposal for multicancer biomarkers // Network Science. № 4. V. 7. 2019. P. 541.

Zaikin A.A., Oleg Blyuss, Valeriia Cherepanova, Daniel Munblit, Elena M. Kiseleva, Olga M. Prytomanova, Stephen W. Duffy, Tatjana Crnogorac-Jurcevic Development of PancRISK, a urine biomarker-based risk score for stratified screening of pancreatic cancer patients // British Journal of Cancer. № 5. V. 122. 2019. P. 692-696.

Zaikin A.A., Abrego Luis Integrated information as a measure of cognitive processes in coupled genetic repressilators // Entropy. № 4. V. 21. 2019. P. 382.

2018

Kustikova V.D., Krivonosov M.I., Denisov P.A., Zaikin A.A., Ivanchenko M.V., Meerov I.B., Semyyanov A.V. Time-lapse imaging for calcium activity analysis in astrocytes with automatic video processing // Opera Medica et Physiologica. Vol. 4 (S1). 2018. P. P. 82.

Kustikova V.D., Krivonosov M.I., Pimashkin A.S., Denisov P.A., Zaikin A.A., Ivanchenko M.V., Meyerov I.B., Semyyanov A.V. CalciumCV: Computer vision software for calcium signaling in astrocytes // Lecture Notes in Computer Science. V. 11179. 2018. P. 168-179.

Ivanchenko M.V., Francheski K., Zaikin A.A., Gordleeva S.Yu., F. Bonifazi, G. Storci, M. Bonafè Inflammaging 2018: An update and a model // Seminars in Immunology. V. 40. 2018. P. 1.

Zaikin A.A., Inés P. Marino, Oleg Blyuss, Andy Ryan, Aleksandra Gentry-Maharaj, Jatinderpal Kalsi, Ranjit Manchanda, Ian Jacobs, Usha Menon, Manuel A. Vázquez A Quantitative performance study of two automatic methods for the diagnosis of ovarian cancer // Biomedical Signal Processing and Control. № 2018. V. 46. 2018. P. 86-93.

Zaikin A.A., Nuno R. Nené, James Rivington Sensitivity of asymmetric rate-dependent critical systems to initial conditions: Insights into cellular decision making // Physical Review E. № 2. V. 98. 2018. P. 1-4.

2017

Zaikin A.A., Karsakov A.S., Ivanchenko M.V., Meerov I.B., Ryblov A.M., T. Bartlett Parenclitic network analysis of methylation data for cancer identification // PLoS One. № 1. V. 21. 2017. P. E0169661.

Makovkin S.Yu., A. Kumar, Zaikin A.A., S. Jalan, Ivanchenko M.V. Multiplexing topologies and time scales: The gains and losses of synchrony // Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. V. 96. 2017. P. 052214.

2016

D. Nesbeth, Zaikin A.A., Y. Saka, M. Romano, C. Giuraniuc, Kanakov O.I., Lapteva T.. Engineering complexity: synthetic biology routes to bio-artificial intelligence // Essays in Biochemistry. V. 60. 2016. P. 381-391.

Samborska V., Gordleeva S.Yu., Ullner E., Lebedeva A.V., Kazantsev V.B., Ivanchenko M.V., Zaikin A.A. Mammalian Brain As a Network of Networks // Opera Medica et Physiologica. № 2. V. 9. 2016. P. 141-145.

Polovinkin A.N., Krylov I.B., Druzhkov P.N., Ivanchenko M.V., Meerov I.B., Zaikin A.A., Zolotykh N.Yu. Solving Problems of clustering and classification of cancer diseases based on DNA methylation data // Pattern Recognition and Image Analysis. № 1. V. 26. 2016. P. 2016.

Filicheva S.Yu., Zaikin A.A., Kanakov O.I. Dynamical decision making in a genetic perceptron // Physica D: Nonlinear Phenomena. V. 318-3. 2016. P. 112-115.

2015

Polovinkin A.N., Krylov I.B., Druzhkov P.N., Ivanchenko M.V., Meyerov I.B., Zaikin A.A., Zolotykh N.Yu. Solving Problems of Clustering and Classification of Cancer Diseases Based on DNA Methylation Data // Proceedings of the 9th Open German-Russian Workshop on Pattern Recognition and Image Understanding (December 1-5, 2014 Koblenz, Germany). Active Vision Group (AGAS). 2015. P. 234-237.

Ivanchenko M.V., Kotelynikov R.A., Kanakov O.I., Zaikin A.A., A. Alsaedi, R. Huerta, L. Tsimring Multi-Input Distributed Classifiers for Synthetic Genetic Circuits // PLoS ONE. № 5. V. 10. 2015. P. E0125144.

Zaikin A.A., Ashwin P. Pattern selection: the importance of “how you get there” // Biophysical Journal. V. 108. 2015. P. 1307.

Zaikin A.A., Bates R., Blyuss O., Alsaedi A. Effect of noise in intelligent cellular decision making // PLoS ONE. № 5. V. 10. 2015. P. E0125079.

Druzhkov P.N., Zolotykh N.Yu., Meerov I.B., Alsaedi A., Shutova M., Ivanchenko M.V., Zaikin A.A. Variations in the intra-gene methylation profiles hallmark induced pluripotency // BioMed Research International. № 976362. V. 2015. 2015. P. 976362.

2014

Polovinkin A.N., Krylov I.B., Druzhkov P.N., Zolotykh N.Yu., Ivanchenko M.V., Meyerov I.B., Zaikin A.A. Solving Problems of Clustering and Classification of Cancer Diseases Based on DNA Methylation Data // 9-th Open German-Russian Workshop on PATTERN RECOGNITION and IMAGE UNDERSTANDING. December 1st-5th, 2014 in Koblenz, Germany. 2014. [принято к печати]

Zaikin A.A., Borg Y., Ullner E., Alagha A., Alsaedi A., Nesbeth D. Complex and Unexpected dynamics in Simple Genetic Regulatory Networks // International Journal of Modern Physics B. V. 28. 2014. P. 1430006.

Zaikin A.A., Bates R., Blyuss O. Stochastic resonance in an intracellular genetic perceptron // Phys. Rev. E. V. 89. 2014. P. 032716.